Er zijn 5 fases voor de werking

Eerste fase:
Via de toevoerleiding wordt brandstof langs de conus gestuurd waardoor de brandstof een centrifugerende beweging meekrijgt.

Tweede fase:
De circulerende brandstof wordt tegen de bowl gedrukt waardoor waterdruppels en vuil tegen de zijkant van de bowl slingeren en onderin de bowl vallen.

Derde fase:
De zich in zwevende toestand bevindende deeltjes stijgen met de brandstof in het bovenste deel van de conus. De met tijd ontstane grotere en zwaardere delen zinken langzamerhand naar de in de tweede fase afgescheiden verontreiniging op de bodem van de bowl.

Vierde fase:
Net onder het filterelement wordt de ruimte voor de brandstof vele malen groter waardoor de vloeistofstroom minder wordt door dit "kalmerende" effect, daardoor vallen de nog aanwezige druppels water terug naar de derde fase.

Vijfde fase:
De laatste en tevens fijnste filtering van de brandstof gebeurt in het SEPAR filterelemt, de afscheiding van de nog achtergebleven deeltjes. Het SEPAR filterelement is zodanig ontworpen dat het papier geen water doorlaat, de zuivere brandstof verlaat de SEPAR FILTER. Door het samenwerken van alle vijf fasen bereikt men een 99,98% afscheiding van water.